ETEC感染猪小肠上皮细胞初期差异表达cricRNA的筛选

摘要：

[目的]分析产肠毒素大肠杆菌(enterotoxigenic Escherichia coli,ETEC)感染猪小肠上皮细胞(IPEC-J2)初期宿主细胞内环状RNA(circularRNA,circRNA)的表达谱变化,并探究其调控机制.[方法]采用Illumina PE150测序平台对ETEC感染IPEC-J2细胞进行转录组测序,利用生物信息学在线软件筛选出差异表达circRNAs,经过GO功能和KEGG通路富集分析筛选出ETEC感染相关circRNAs,用IRESfinder和PFAM 33.1软件进行circRNAs编码潜能预测;随机挑选5个差异表达circRNAs,用实时荧光定量PCR验证circRNAs表达情况及核糖核酸酶R(RNase R)消化结果.[结果]转录组测序结果显示,共获得201个差异表达circRNAs,其中95个表达上调和106个表达下调.GO功能富集分析表明,ETEC感染初期circRNAs来源基因主要影响细胞形态、细胞代谢和泛素蛋白连接酶活性等功能.KEGG通路富集分析显示,circRNAs可能参与氨基酸代谢途径、泛素介导的蛋白质水解通路、黏合连接和肌动蛋白细胞骨架调节等信号通路.circRNAs编码潜能预测发现4个具有编码潜能的circRNAs,其中novel_circ_0009996和来源基因TNFAIP3共同富集在NF-κB和TNF信号通路.实时荧光定量PCR结果显示,5个circRNAs的表达水平与测序结果一致,差异表达circRNAs均为环状RNA分子,测序结果准确可靠.[结论]ETEC感染IPEC-J2细胞初期差异表达circRNAs和其来源基因主要参与炎症反应、基因表达的转录后调控、细胞免疫过程、细胞骨架、细胞增殖和凋亡等相关生物过程,其中novel_circ_0009996具有编码潜能,主要富集在NF-κB和TNF信号通路.研究结果为深入探究circRNA在ETEC感染初期的调控机制提供理论基础.

关键词：产肠毒素大肠杆菌(ETEC)、猪小肠上皮细胞、circRNA、感染

所属期刊栏目：50

分类号：S814.8(普通畜牧学)

资助基金：国家自然科学基金32202803

在线出版日期：2023-09-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：3490-3498