新吉细毛羊和小尾寒羊差异表达miRNAs筛选与调控网络分析

摘要：

[目的]筛选新吉细毛羊和小尾寒羊体内差异微小RNAs(microRNAs,miRNAs),研究miRNAs和靶基因对羊毛纤维机制表达的调控模式.[方法]选取两种毛细度存在显著差异的新吉细毛羊(XFWS)和小尾寒羊(SXW),采集血浆中外泌体进行转录组测序,构建文库并鉴定miRNAs,使用edgeR包对miRNAs进行差异表达分析,使用miRanda和Targetscan软件预测miRNAs的靶基因,对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,对差异miRNAs靶基因进行miRNAs-mRNA互作调控网络分析,使用实时荧光定量PCR对转录组数据中miRNAs进行验证.[结果]新吉细毛羊和小尾寒羊血浆外泌体中存在1 019个miRNAs,其中已知miRNAs 112个,新预测miRNAs 907个,经筛选存在差异表达miRNAs 364个,其中与羊毛细度呈正相关性基因62个,呈负相关性基因302个.经多数据库比对获得靶基因的注释信息18 996个,GO功能富集分析显示,17 193个注释靶基因富集到6 608个条目中;KEGG通路分析显示其富集在276个通路之中,经蛋白互作分析找到与羊毛纤维机制表达相关miRNAs 5个及靶基因42个.实时荧光定量PCR验证差异miRNAs结果显示,oar-miR-218a、oar-miR-370-3p、oar-miR-133、oar-miR-29a、oar-miR-27a、oar-miR-485-3p、oar-miR-22-3p、oar-miR-23a、oar-miR-148a、oar-miR-412-3p在新吉细毛羊体内表达量均显著高于小尾寒羊(P＜0.05),oar-miR-26a、oar-miR-29b、oar-miR-329b-3p,oar-miR-409-3p、oar-miR-30a-3p在小尾寒羊体内表达量均显著高于新吉细毛羊(P＜0.05),与转录组测序结果一致.[结论]新吉细毛羊和小尾寒羊体内存在oar-miR-218a、oar-miR-370-3p、oar-miR-133等364个差异miRNAs,其中oar-miR-133、oar-miR-150、oar-miR-127、oar-miR-23a、oar-miR-370-3p与其42个靶基因共同参与羊毛纤维机制表达,FGFR2、NOTCH1、SHH参与多通路调节,在联级调节中起重要作用.

关键词：新吉细毛羊、小尾寒羊、血浆、外泌体、miRNAs

所属期刊栏目：50

分类号：Q78(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金;吉林省教育厅项目

在线出版日期：2023-09-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：3480-3489