绵羊超数排卵卵巢差异表达基因及生物信息学分析

摘要：

[目的]筛选出影响经超数排卵处理的多浪羊卵巢卵泡发育的关键基因、生物过程及信号通路,为进一步了解多浪羊超数排卵状态下卵巢生长发育机制提供依据.[方法]对15只2～3岁身体状况良好的多浪羊进行超数排卵处理后,采集超数排卵中早期(第11天)、中期(第13天)、晚期(第15天)卵巢组织,利用高通量测序技术进行转录组测序,将测序得到的reads序列与参考基因组进行序列比对,筛选出差异表达基因;通过STRING数据库对差异表达基因进行蛋白互作网络分析,采用Cytoscape软件进行可视化编辑处理,利用eggNOG-mapper软件进行GO功能和KEGG通路富集分析.[结果]超数排卵卵巢第11和13天共筛选出223个差异表达基因,获得259条互作关系,差异表达基因显著注释在细胞生长、核糖核蛋白复合等条目中,其中显著差异表达的基因为ITGB3和SNA I1,未发现显著富集通路.超数排卵卵巢第13和15天共筛选出694个差异表达基因,获得785条互作关系,差异表达基因显著注释在DNA复制的启动、DNA复制、DNA新陈代谢过程等条目中,其中显著差异表达的基因主要有CASP3、NOTCH1、WNT2和RUNX2,存在2条富集通路:DNA复制和细胞周期信号通路.超数排卵卵巢第11和15天共筛选出238个差异基因,获得151条互作关系,差异表达基因主要注释在蛋白质水解、细胞内信号转导等条目中,其中显著差异表达的基因主要有PRKAR2B、AQP5及HEY2,存在2条显著富集通路:肥厚型心肌病(HCM)和扩张型心肌病(DCM)信号通路.利用GO功能和KEGG通路富集结果筛选出10个在绵羊卵巢卵泡发育过程中具有直接或间接作用的基因:ITGB3、SNAI1、CASP3、PRKAR2B、AQP5、NOTCH1、RUNX2、WNT2、DPP10和HEY2.[结论]本研究从超数排卵卵巢不同发育时期筛选出10个差异表达基因,其相关功能作用的发挥符合不同时期卵巢卵泡发育变化机制,表明这些基因可能是直接或间接影响卵巢卵泡发育的关键基因,为探究超数排卵卵巢卵泡发育机制提供了理论参考.

关键词：绵羊、超数排卵、转录组测序、差异表达基因、卵巢卵泡

所属期刊栏目：50

分类号：Q78(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金;塔里木畜牧科技兵团重点实验室研究项目

在线出版日期：2023-08-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共15页

页码：2740-2754