大长杂交猪DJ-1基因克隆、生物信息学及表达分析

摘要：

[目的]克隆大长杂交猪DJ-1基因CDS区并进行生物信息学分析,探讨DJ-1基因在猪脂肪组织中的表达规律,为后续探究该基因在猪脂肪沉积中的功能奠定基础.[方法]以大长杂交猪腹股沟皮下脂肪组织cDNA为模板,PCR扩增DJ-1基因CDS区,利用在线工具对DJ-1蛋白进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR检测DJ-1基因在大长杂交猪、大白猪(瘦肉型猪)和莱芜猪(脂肪型猪)脂肪组织中的表达量,并比较表达差异.[结果]大长杂交猪DJ-1基因CDS区全长570 bp,编码189个氨基酸.系统进化树分析表明,大长杂交猪和牛亲缘关系最近,与斑马鱼亲缘关系最远.DJ-1蛋白分子质量为19.94 ku,是一种稳定的酸性、亲水性蛋白,且含有1个GAT_1超家族成员Thij结构域;无信号肽和跨膜结构域,具有21个磷酸化位点、4个N-糖基化修饰位点和1个O-糖基化修饰位点.DJ-1蛋白二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角、无规则卷曲组成,占比分别为42.86％、17.99％、7.94％和31.22％,三级结构预测结果与其一致.蛋白互作分析发现,DJ-1蛋白可能与SOD2、NDUFV2、SNCA、BCL2L1和MAP3K等蛋白存在相互作用.实时荧光定量PCR结果表明,DJ-1基因在大长杂交猪背膘、腹股沟脂肪和肾周脂肪组织中均有表达,但无显著差异(P＞0.05);且在大白猪脂肪组织中的表达量显著或极显著低于莱芜猪(P＜0.05;P＜0.01).[结论]本研究成功克隆了大长杂交猪DJ-1基因CDS区,其编码蛋白属稳定的酸性、亲水性蛋白,在莱芜猪脂肪组织中的表达量显著或极显著高于大白猪.本试验结果为进一步研究猪DJ-1基因功能提供理论参考.

关键词：猪、DJ-1基因、生物信息学分析、表达、脂肪

所属期刊栏目：49

分类号：Q78(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金;山东省重点研发计划

在线出版日期：2023-02-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：4513-4523