多重耐药胸膜肺炎放线杆菌GD2107株全基因组测序及生物信息学分析

摘要：

[目的]通过对多重耐药胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)GD2107株进行全基因组测序及生物信息学分析,丰富APP基因组数据库信息;构建基于ApxⅣ基因的系统进化树,分析该菌株的进化关系,为探索APP致病机制和临床防控猪传染性胸膜肺炎(porcine contagious pleuropneumia,PCP)提供参考.[方法]通过药敏试验测定分离菌株的耐药谱;采用全基因组测序技术(whole genome sequencing,WGS)对细菌DNA进行全基因组测序,分别利用Illumina NovaSeq、PacBio SequeⅠ测序平台对全基因组测序结果进行基因功能注释及生物信息学分析(包括基因组基本信息、功能元件分析及亚系统分析等);基于ApxⅣ基因构建系统进化树.[结果]药敏试验结果显示,GD2107菌株对青霉素、头孢拉定(先锋VI)、卡那霉素等14种抗菌药均耐药.对GD2107株全基因组测序得到1条大小为2 271 987 bp的环状染色体(GC含量为41.21％)和2个大小分别为5 027和3 497 bp的环状质粒,共预测到2 290个编码基因,包含19个rRNA(7个5S rRNA、6个16S rRNA、6个23S rRNA)、21个tRNA基因、20个ncRNA;23个基因岛、4个原噬菌体和2组CRISPR相关序列;分别有2 112、1 549和1 866个基因在COG、KEGG和GO数据库中得到注释,且相关蛋白集中分布于APP的代谢过程;另外在毒力因子(VFDB)和耐药因子(CARD)数据库中还注释到48个毒力基因和22个耐药基因(仅floR基因位于质粒上).绘制该菌株的全基因组圈图,将基因组信息提交至NCBI,获得染色体GenBank登录号为CP097377,质粒登录号分别为CP097378和CP097379.系统进化树分析发现,该菌株与来自中国的APP菌株(CP063424.1)进化关系最近.[结论]本研究完成了对多重耐药菌株GD2107的全基因组测序与生物信息学分析,全面认识了该菌株基因组的结构和功能并探究了耐药和致病机制中的相关基因,进化关系显示该菌株具有一定的地域流行性,为预防PCP的流行和探索APP的致病机制提供了参考.

关键词：胸膜肺炎放线杆菌(APP)、全基因组测序、生物信息学分析、耐药基因、系统进化分析

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分类号：S852.61+9(动物医学（兽医学）)

资助基金：广东省现代农业产业技术体系创新团队项目;广州市重点研发项目;广东省动物疫病野外科学观测研究站项目;广州市科技特派员项目;广州市科技特派员项目;广东省农业科学院学科建设新兴团队项目

在线出版日期：2022-11-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：4019-4031