猪DNA甲基转移酶基因家族进化分析

摘要：

[目的]探究猪DNA甲基转移酶(DNMT)基因家族的基因特性及表达模式.[方法]利用生物信息学方法鉴定猪全基因组范围的DNMT基因家族,并对其染色体定位、理化性质、蛋白质结构、亚细胞定位、基因结构、保守基序、系统进化关系、共线性关系和基因表达模式进行分析.[结果]共鉴定得到5个猪DNMT基因家族成员:PigDNMT1、PigDNMT2、PigDNMT3、PigDNMT4 和 PigDNMT5,分别位于 2、3、13、14、17 号染色体上.猪DNMT基因家族进化树分析发现,PigDNMT1和PigDNMT4、PigDNMT2和PigDNMT5的亲缘关系较近.PigDNMT2和PigDNMT5具有相同数量和排列顺序的保守基序,但在基因结构上差异较大.系统进化树结果揭示,猪、人、小鼠和牛的DNMT基因家族分为4个亚族,其中猪与牛的DNMT基因家族亲缘关系更近.基因共线性分析显示,猪与人、小鼠、牛之间都具有4对直系同源DNMT基因,表明4个物种的DNMT基因间存在较强的共线性关系.猪DNMT家族蛋白长度在228～1 706个氨基酸之间,分子质量在26 133.32～192 267.80 u之间,等电点在6.00～9.06之间.二级结构预测分析结果显示,猪DNMT蛋白主要由无规则卷曲组成.亚细胞定位分析发现,5个猪DNMT蛋白定位于细胞核.母猪性腺轴的转录组数据分析发现,PigDNMT1在下丘脑、垂体和卵巢组织中随着初情启动过程而展现出不同的表达模式.[结论]本研究在猪基因组上共鉴定出5个DNMT基因,并发现性腺轴组织中的PigDNMT1在初情启动过程中呈现出不同的表达模式,为解析猪DNMT基因家族功能提供一些参考.

关键词：猪、DNA甲基转移酶(DNMT)、系统进化、表达分析

所属期刊栏目：49

分类号：S828(家畜)

资助基金：现代农业产业技术体系

在线出版日期：2022-10-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：3283-3291