中国西南部分地区2020-2021年猪流行性腹泻病毒遗传变异分析

摘要：

[目的]了解中国西南部分地区流行的猪流行性腹泻病毒(PEDV)基因型及遗传变异规律.[方法]对2020-2021年四川和云南不同地区来源的200份腹泻猪肛门拭子进行RT-PCR检测,对PEDV S和ORF3基因进行克隆测序,利用Meg Align软件进行变异性分析,采用Mega 7.0软件进行系统进化分析,采用RDP4软件进行基因重组分析.[结果]在所有样本中PEDV总体阳性率为15.50％(31/200),群体阳性率为100％(8/8).检出的8株PEDV S基因和ORF3基因序列与已登录毒株相似性分别为90.5％～99.4％和92.9％～100％.对S基因的进化分析显示,8个PEDV流行株分布于G2a、G2b和G2c 3个亚群中.其中,四川SCWJSWUN02株与福建CH/FJXM/1/2012株遗传距离较近,云南YNKMSWUN01株与越南毒株单独聚为一支,表明当前西南地区PEDV的流行呈现出区域间传播的特征.与本地区近年流行毒株和常用疫苗株相比,其S蛋白氨基酸序列均存在不同程度的变异,但ORF3蛋白相对保守.部分毒株S蛋白存在连续氨基酸的插入或缺失,如在SCMYSWUN03株S蛋白59-62位氨基酸处发现4个氨基酸的缺失;在YNKMSWUN01株78-82位氨基酸处和84-88位氨基酸处分别有5个氨基酸插入和缺失.部分氨基酸突变位点存在于已鉴定的PEDV S蛋白受体结合中.此外,基因重组分析结果显示,SCMYSWUN03株可能发生了基因重组事件,概率为98.2％(P＜0.01).[结论]本研究发现当前西南地区流行的PEDV毒株包括G2a、G2b和G2c 3个亚群,毒株基因型具有多样性,且不同毒株间的变异性较大,丰富了 PEDV在四川和云南地区的分子流行病学调查资料,揭示了中国西南地区流行的8个PEDV毒株的分子遗传变异规律和进化特征,为本地区猪腹泻病防控措施的制定提供了理论依据.

关键词：猪流行性腹泻病毒(PEDV)、S基因、ORF3基因、遗传进化分析

所属期刊栏目：49

分类号：S852.65(动物医学（兽医学）)

资助基金：西南民族大学大学生创新创业训练计划项目S202110656083

在线出版日期：2022-06-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：2279-2290