鸡繁殖性状近交衰退相关lncRNA的筛选

摘要：

[目的]筛选与鸡繁殖性状近交衰退相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA),为深入探究lncRNA对鸡繁殖性能近交衰退调控机制提供参考.[方法]以狼山鸡高、低近交群体为试验素材,通过转录组测序技术分析狼山鸡下丘脑和卵巢中lncRNA表达情况,筛选高、低近交组间差异表达lncRNA,并对其进行顺式调控靶基因预测及功能分析.[结果]狼山鸡下丘脑和卵巢中共鉴定出4 222个lncRNAs,高、低近交组间比较发现,下丘脑中差异表达lncRNAs 35个,卵巢中差异表达lncRNAs 215个.下丘脑中差异lncRNAs中预测到顺式调控靶基因98个,这些靶基因显著富集于出生或孵化时胚胎发育终止、胚胎心导管发育、视黄酸应答等繁殖相关生物过程(P＜0.05),涉及 lncRNA MSTRG.9196.4、MSTRG.9195.2、MSTRG.6254.2 以及相应靶基因 DNAAF2和FKBP1B等胚胎发育相关基因;卵巢中差异lncRNAs预测到顺式调控靶基因414个,这些靶基因富集到卵母细胞减数分裂、MAPK、叶酸合成等信号通路,包括 MSTRG.7683.1、MSTRG.13604.4、MSTRG.16570.1、MSTRG.8330.5、MSTRG.8330.4等神经内分泌调节及配子生成相关的lncRNAs.[结论]本研究在下丘脑和卵巢中筛选到了一系列鸡胚胎发育及配子生成调控相关差异lncRNAs,这些lncRNAs可作为鸡繁殖性能近交衰退候选lncRNAs,为进一步揭示鸡繁殖性能近交衰退调控机制提供线索.

关键词：鸡、繁殖性状、近交衰退、差异表达、长链非编码RNA(lncRNA)、靶基因

所属期刊栏目：49

分类号：S831.2(家禽)

资助基金：江苏省重点研发计划;江苏省种业振兴揭榜挂帅种质资源优异功能基因挖掘;生物育种核心技术攻关项目

在线出版日期：2022-06-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：2176-2185