基于免疫信息学方法设计针对猪急性腹泻综合征冠状病毒S、M及E蛋白的多表位疫苗

摘要：

[目的]设计针对猪急性腹泻综合征冠状病毒(Swine acute diarrhea syndrome coronavirus,SADS-CoV)S、M及E蛋白的多表位疫苗.[方法]本研究选用IEDB预测SADS-CoV S、M及E蛋白T淋巴细胞主要组织相容性复合体Ⅰ(MHCⅠ)类分子结合表位;用NetMHCIIpan 4.0 Serve预测T淋巴细胞MHCⅡ类分子结合表位;用Immunomedicine Group、IEDB预测B淋巴细胞表位.将各个服务器预测结果筛选出重叠表位区域作为优势表位,运用IEDB、AllerTOP v 2.0 Servers筛选出高保守性、非致敏性的优势表位区域,通过柔性linker串联成多表位疫苗.对构建的多表位疫苗进行抗原性、理化性质、N糖基化位点、二级结构和三级结构预测.使用分子对接评估多表位疫苗与免疫受体的结合能力,最后进行基因克隆.[结果]经筛选后的高保守性、非致敏性优势表位构建的多表位疫苗相对分子质量为35.30 ku,为稳定亲水蛋白,具有良好的抗原性,存在1个N-糖基化位点,在二级结构中α-螺旋、β-折叠、无规则卷曲和β-转角分别占22.11％、20.35％、50.88％和6.67％.三级结构Ramachandran作图显示优势区域中含有残基数占到90.00％,进行细化后优势区域的残基数增加到91.92％,三级结构突出表位作图也证明多表位疫苗具有良好的免疫原性,分子对接表明多表位疫苗与TLR3具有高亲和力.经密码子优化、反向翻译和基因克隆确保设计的多表位疫苗在大肠杆菌K12表达系统中高效、稳定的表达.[结论]构建的多表位疫苗抗原可有效表达并可能诱导强烈的T细胞和B细胞免疫应答.本研究为SADS-CoV多表位疫苗的设计提供了一种新的方法,为SADS-CoV多表位疫苗的研发提供了理论依据及数据支持.

关键词：猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV);结构蛋白;免疫信息学方法;T淋巴细胞表位;B淋巴细胞表位;多表位疫苗

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分类号：S852.65+1(动物医学（兽医学）)

资助基金：黑龙江八一农垦大学引进人才科研启动计划项目XYB201913

在线出版日期：2022-03-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1057-1066