犬冠状病毒JS1706和JS1712毒株基因组3 '端分子特性分析

摘要：

为了全面了解犬冠状病毒(CCoV)分离毒株JS1706和JS1712基因组3'端主要结构蛋白基因和非结构蛋白基因的分子特征,本研究设计了8组引物进行RT-PCR扩增,产物经测序和拼接后,获得了约8.7 kb基因组片段,该基因组结构及其编码蛋白顺序为5'-S-3abc-E-M-N-7ab-3'.对CCoV JS1706、JS1712株8.7 kb基因组核苷酸序列与α冠状病毒属参考毒株的相同区域核苷酸序列进行比对,结果表明,2个分离株与CCoVⅡ型参考毒株相似性最高(83.4％～93.1％),其次为FCoVⅡ型参考毒株(87.1％～87.9％)、TGEV参考毒株(86.1％～86.8％)、CCoV Ⅰ型参考毒株(72.0％～72.1％)和FCoV Ⅰ型参考毒株(67.5％～69.9％).JS1706、JS1712毒株与同属冠状病毒参考株的结构蛋白S、E、M和N蛋白氨基酸相似性分别为46.4％～95.2％、75.6％～100％、82.8％～99.2％和78.5％～99.7％.说明同属内冠状病毒的S基因变异度大,E、M、N基因相对保守.根据基因组3'端8.7 kb核苷酸序列和S蛋白氨基酸序列相似性比对结果,JS1706和JS1712毒株均与泛嗜型原型株CB/05相似性最高,分别为93.0％～93.1％、94.8％～95.2％,其他结构蛋白包括E、M和N氨基酸序列比对也发现与CB/05株的相似性较高,分别为97.6％～100％、92.4％～93.1％和97.9％.S蛋白氨基酸序列的进一步分析表明,JS1706和JS1712毒株的S蛋白N端有一些特有氨基酸,S蛋白氨基酸序列中没有明显的S1/S2蛋白酶切位点(RRARR),但在958-963位氨基酸有S2'裂解位点特征基序(KRKYRS).基于S蛋白氨基酸序列构建的系统发育进化树分析显示,CCoV JS1706和JS1712株与CCoVⅡa亚型参考毒株和FCoVⅡ型参考毒株聚集形成一个分枝.CCoV JS1706和JS1712株非结构蛋白的编码基因ORF3abc和ORF7,其结构、大小与经典疫苗株INSAVC-1相似,无明显插入、缺失和移码突变.本研究有助于深入了解国内CCoV流行毒株的分子特性,为后续分子流行病学调查、诊断试剂和疫苗研发奠定了基础.

关键词：犬冠状病毒;3’末端;基因组;系统进化分析

所属期刊栏目：48

分类号：S855.3(动物医学（兽医学）)

资助基金：江苏省人兽共患病重点实验室资助项目;江苏高校优势学科建设工程资助项目

在线出版日期：2022-01-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：4231-4241