沐川乌骨黑鸡肌内脂肪沉积相关microRNAs的筛查与鉴定

摘要：

试验旨在挖掘高肌内脂肪(IMF)含量和低IMF含量鸡胸肌中差异表达的microRNA (miRNA)(DEM),以期从miRNA角度探究鸡IMF沉积的分子调控机制.以120只沐川乌骨黑鸡为研究对象,采用高通量测序分别完成3个IMF含量极高(H组)和极低(L组)鸡胸肌组织的miRNA测序,测序结果经生物信息学分析,鉴定H和L组中差异表达的miRNAs,随机选择6个miRNAs进行实时荧光定量PCR验证.IMF含量测定结果表明,每只鸡平均100 g胸肌中IMF含量为4.08 g,H和L组IMF含量存在极显著差异(P＜0.01);6个测序文库结果表明,每个测序文库获得Clean reads均超过10000000条,Clean reads占Raw reads的百分比＞93,21～23 nt的small RNA (sRNA)数量占总sRNA的百分比＞50％,其中22 nt长度的sRNA所占比例最高,平均GC碱基含量为48.95％,获得的测序数据可靠;6个测序文库中sRNA注释为rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA以及重复序列的比例较低,分别为2.74％、1.85％、6.21％、1.58％、2.82％和2.81％;6个测序文库共鉴定已知miRNAs成熟体578个,miRNAs前体500个,鉴定差异表达的miRNAs 23个,其中H组中上调表达的miRNAs有16个,下调表达的miRNAs有7个;miRNA靶基因预测分析结果表明,23个差异表达miRNAs共预测靶基因628个;GO分析结果表明,共鉴定了30个显著富集GO条目,包括6个细胞成分、13个生物学过程和11个分子功能;KEGG富集分析表明,差异表达miRNA的靶基因显著富集于胰岛素信号通路、半乳糖代谢、脂肪细胞因子信号通路、鞘糖脂生物合成、糖酵解及淀粉和蔗糖代谢;实时荧光定量PCR结果表明,gga-miR-124a-3 p、gga-let-7a-5p在H组中表达量极显著或显著高于L组(P＜0.01;P＜0.05);gga-miR-19a-3p在H组中表达量极显著低于L组(P＜0.01),gga-miR-6553-3p和gga-miR-128-3p在H组中的表达量显著低于L组(P＜0.05),其表达趋势与测序结果一致.以上结果表明,差异表达的miRNA gga-miR-124a-3p、 gga-let-7a-5p、gga-miR-6553-3p、gga-miR-128-3p和gga-miR-19a-3p参与脂肪生成,是鸡IMF含量调控重要的候选miRNAs,为阐释miRNA调控鸡IMF沉积分子机制提供理论基础.

关键词：鸡;肌内脂肪;miRNA;高通量测序

所属期刊栏目：48

分类号：S831.99(家禽)

资助基金：四川省科技计划资助项目;乐山市科技项目;乐山师范学院科技项目

在线出版日期：2021-09-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共14页

页码：2713-2726