产肠毒素大肠杆菌F41感染猪小肠上皮细胞初期lncRNA的表达谱分析

摘要：

本研究旨在分析产肠毒素大肠杆菌(enterotoxigenic Escherichia coli,ETEC)感染猪小肠上皮细胞(IPEC-J2)后,在感染初期细胞内长链非编码RNA(long non coding RNA,lncRNA)的表达谱变化,探究lncRNA在ETEC感染初期所起到的调控作用.使用ETEC F41感染IPEC-J2,在感染前和感染初期(感染后4 h)收集细胞,通过Illumina Hiseq Xten平台进行高通量测序,共发现lncRNA 9 975条.感染初期与感染前相比,共发现100条差异表达lncRNA,其中40条表达上调,60条表达下调.通过miRanda-3.3a和psRobot_v1.2软件共同预测差异表达lncRNA的靶基因,并对差异表达lncRNA的靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析.结果显示,感染初期差异表达lncRNA的靶基因显著富集于细胞核、核仁、代谢过程调控及发育过程等GO功能条目中.KEGG分析表明,感染初期差异表达lncRNA的靶基因主要富集在PI3K-Akt信号通路、肌动蛋白细胞骨架调节、黏附斑及细胞周期等信号通路.利用实时荧光定量PCR随机验证了 5条差异表达lncRNA,结果与测序分析中表达变化趋势一致.本研究对ETEC感染IPEC-J2细胞初期的lncRNA表达谱进行了差异分析,为深入探究lncRNA在ETEC感染初期中的作用机制提供了参考依据.

关键词：产肠毒素大肠杆菌、长链非编码RNA、高通量测序、猪

所属期刊栏目：48

分类号：S858.28(动物医学（兽医学）)

资助基金：河北省高等学校青年拔尖人才项目;河北省自然科学基金

在线出版日期：2021-07-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1707-1716