香猪3种组织环状RNA的表达及其功能分析

摘要：

本研究旨在探索环状RN A(circular RNA,circRNA)在香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌的表达及其潜在功能.本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法,分析香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌circRNA的表达,对3种组织特有circRNA亲本基因进行GO和KEGG富集分析,对样品组织结构功能相关亲本基因中circRNA结合的靶miRNA进行预测.从香猪3种组织表达谱中共鉴定出6 483个circRNAs,皮肤、皮下脂肪及背最长肌分别鉴定出4 575、5 180、5 219个circRNAs,其中特异性表达的分别有83、234、586个;circRNAs在染色体上分布广泛,主要来源于外显子,少数来源于内含子和基因间隔区;多数circRNAs表达量较低;皮肤特有circRNAs的亲本基因主要参与蛋白水解、RNA转运、缝隙连接等过程,其中NF1、MAPK1等亲本基因与皮肤性疾病相关,可能以circRNAs的形式发挥作用,其中亲本基因MA PK1中的circRNA(circ-MAPK1)可结合miR-18a、miR-132、miR-411等,可能参与调控胶原蛋白的形成;皮下脂肪特有circRNAs的亲本基因富集于脂肪细胞生长、发育及癌症等信号通路,ABHD5、PTPN11等亲本基因与脂肪代谢有关,circ-PTPN11结合的miR-103、miR-107、miR-199a-5p等参与调控脂肪细胞增殖、分化及脂质沉积;背最长肌特有的circRNAs亲本基因富集于癌症、感染、肌肉发育等过程,ROCK2、PPP1CC等基因与肌细胞分化及肌肉收缩相关,circ-PPP1CC结合的miR-339、miR-181a、miR-181b等参与调控肌细胞分化、增殖及生长.综上,本研究筛选出的circRNAs及其结合的miRNAs可能参与皮肤胶原蛋白形成、脂肪沉积、肌细胞分化成熟等生物学过程.

关键词：香猪、环状RNA(circRNA)、皮肤、皮下脂肪、背最长肌

所属期刊栏目：47

分类号：S828(家畜)

资助基金：国家自然科学基金;国家高技术研究发展计划863计划课题;贵州省科技创新人才团队项目;贵州省"百"层次创新型人才培养项目;贵州省农业攻关项目;贵州大学培育项目;贵州省科技计划项目

在线出版日期：2021-02-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：3870-3881