2018年中国部分地区猪瘟病毒2.1d亚型新流行株的基因组特征分析

摘要：

为了解中国猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)的分子流行病学及遗传变异情况,本研究应用RT-PCR方法对2018年采集自河南、河北、山东、黑龙江和辽宁5个省份的350份疑似CSFV感染的病料进行E2和NS5B基因扩增,并对PCR产物进行测序和序列分析.结果 显示,350份样品中21份为CSFV阳性,共获得14株CSFV的E2基因序列和7株CSFV的部分NS5B基因序列.E2全基因、NS5B部分基因序列分析表明,21份阳性样品均属于近年来在中国流行的CSFV 2.1d亚型,且新发现的2.1d亚型CSFV与中国较早2.1d亚型CSFV毒株间同源性差异不大,新发现的2.1d亚型CSFV分离株在E2基因的6个氨基酸(R31、S34、W34、K205、K303、A331)上具有相同的分子特征,E2蛋白中15个位点上的半胱氨酸均未发生变异.韩国2.1d亚型CSFV在E2蛋白上具有3个独特的氨基酸(N97、K159、R205)特征,并且发现了韩国毒株YC11WB可能作为2.1b和2.1d亚型CSFV过渡毒株的证据,流行于中国和韩国的2.1d亚型CSFV可能分别来自于本国早期2.1b亚型CSFV的衍化.本研究证实,2018年中国及周边国家CSFV较为活跃,且流行毒株依然以2.1d亚型为主,为中国科学防控CSFV提供了依据.

关键词：猪瘟病毒(CSFV)、E2基因、NS5B基因、2.1d亚型、遗传变异、分子特征

所属期刊栏目：47

分类号：S852.65+1(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家科技基础条件平台建设计划项目TDRC-2017-22

在线出版日期：2020-10-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：2561-2570