金华猪PPARGC1A基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究

摘要：

试验旨在研究过氧化物酶体增殖物激活受体γ辅助激活因子1α(PPARGC1A)在金华猪和大白猪中的遗传特征和表达情况,探究 PPA RGC1A基因在mRNA水平和蛋白质水平的表达模式.以金华猪和大白猪为试验动物,分别提取背脂组织的总RNA,根据GenBank中公布的猪 PPA RGC1A基因序列(登录号:NM_213963.2)设计编码区和实时定量 PCR 引物,以猪 GA PD H 基因和 β-actin 蛋白作为内参,应用多种生物信息学方法对PPA RGC1A基因编码蛋白进行功能分析,并通过实时荧光定量 PCR及Western blotting检测其在金华猪背脂中的表达水平.结果表明,金华猪 PPA RGC1A 基因 CDS区全长2 361 bp,编码786个氨基酸,该蛋白分子大小90 336.01 u,其中丝氨酸(ser)所占比例最高(13.7％),色氨酸(T rp)所占比例最低(0.8％).同源性比对结果显示,金华猪 PPA RGC1A基因与山羊、牛和绵羊的同源性较高,分别为95.0％、94.9％和94.9％,在物种进化中具有较强的保守性;金华猪PPARGC1A蛋白不稳定指数为74.88,属于不稳定亲水蛋白,无跨膜结构,其二级结构由α-螺旋、延伸链、β-转角及无规则卷曲 4 种结构组成,所占比例分别为 26.59％、5.73％、5.73％和 61.96％,PPARGC1A蛋白同源建模经折叠、弯曲等一系列复杂的过程获得三级结构模型;实时荧光定量PCR试验和West-ern blotting试验结果一致,显示 PPA RGC1A基因在背脂较厚的金华猪中表达量显著低于瘦肉型的大白猪(P＜0.05).本研究为探明 PPA RGC1A基因对猪脂肪沉积的分子生物学功能提供了理论基础.

关键词：金华猪、PPA RGC1A基因、生物信息学分析、组织表达、脂肪沉积

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分类号：S828.9(家畜)

资助基金：国家转基因生物新品种培育重大专项2018ZX0800928B;河北省自然科学基金C2017402162

在线出版日期：2020-04-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：696-705