建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

摘要：

试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化.从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K).构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离.结果 显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1 200 bp的序列.39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45％,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50％的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032).本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源.

关键词：建昌马、mtDNA D-loop、母系遗传多样性、系统进化

所属期刊栏目：47

分类号：S813.3(普通畜牧学)

资助基金：四川省应用基础课题;中央高校基本科研业务费课题

在线出版日期：2020-06-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：63-73