牛病毒性腹泻病毒NS3蛋白的生物信息学分析及多表位筛选

摘要：

本研究旨在对牛病毒性腹泻病毒(BVDV)NS3蛋白进行生物信息学分析及T细胞和B细胞表位的筛选.从GenBank数据库中找到NS3蛋白的氨基酸序列,用Expasy ProtParam在线服务器分析所得序列理化性质.使用TM HMM Server分析跨膜结构域,使用DNAStar软件预测NS3蛋白的二级结构,为了更准确地预测蛋白质的二级结构,使用SOPMA分析软件进行了二次预测.使用Phyre2在线服务器预测NS3蛋白的三级结构,并用Raswin软件标出各个元素所处的位置.使用4种预测软件(BCPREDS、ABCpred、BepiPred和SVMTriP)分析NS3蛋白的线性B细胞表位,使用NetM HCⅡpan预测CD4+T细胞表位,使用NetBoLApan和IEDB预测CD8+T细胞表位,将所得到的结果进行T细胞和B细胞表位筛选.结果 表明,NS3蛋白质由683个氨基酸组成,分子质量为75 ku,理论等电点(pI)为8.31,化学式为C3347 H5346 N916 O1009 S28,不稳定系数为35.93,平均亲水性(GRAVY)值为-0.267,表明NS3为稳定性亲水蛋白质.TMHMM结果显示,NS3蛋白不具有跨膜结构域.SOPMA结果表明,在NS3蛋白的二级结构中,α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲分别约占30.75％、22.55％、8.35％和38.35,用DNAStar软件分别标出了α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲所处的位置.运用4种不同的B细胞预测软件筛选出8个线性表位:12-16、289-298、349-360、394-407、421-432、489-498、515-525和665-679位氨基酸.用NetM HCⅡpan筛选出4个T细胞表位:248-262、315-320、400-414和482-496位氨基酸.本研究为BVDV NS3蛋白优势抗原的筛选提供了理论依据.

关键词：牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、NS3蛋白、生物信息学分析、B细胞、T细胞、表位筛选

所属期刊栏目：46

分类号：S852.65+3(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家自然科学基金项目;兵团重大科技项目

在线出版日期：2020-01-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：3475-3485