槟榔江水牛OXCT1基因的分子特征及组织表达谱分析

摘要：

本研究对槟榔江水牛3-酮酸辅酶A转移酶1(3-oxoacid CoA-transferase 1,OXCT1)基因的完整CDS区进行了PCR扩增,并对其功能生物信息学和多组织差异表达进行了分析.以普通牛OXCT1基因序列(GenBank登录号:XM_006076397)为参考序列,采用Primer Premier 5.0软件设计引物序列,以提取的槟榔江水牛基因组DNA为模板,PCR扩增获得槟榔江水牛OXCT1基因mRNA序列,扩增产物经测序后利用ORF Finder软件进行开放阅读框识别,获得水牛OXCT1基因CDS区全序列,并对其进行生物信息学分析.结果 显示,槟榔江水牛OXCT1基因CDS序列全长1 563 bp,编码520个氨基酸,蛋白分子式为C2509H4041N687O746S23,分子质量为56.50 ku,理论等电点(pI)为8.69,不稳定系数为27.49,平均疏水性(GRAVY)为-0.097,该蛋白属弱亲水性蛋白.OXCT1蛋白无信号肽和跨膜结构,属于线粒体膜蛋白;包含pcaJ_scoB_fam和AtoD 2个保守结构域,且具有5个功能活性位点.槟榔江水牛与普通牛、藏羚羊等5个物种的OXCT1氨基酸序列同源性≥97％.对槟榔江水牛13个组织进行表达谱分析表明,在泌乳期,OXCT1基因在乳腺中表达量最高,在肾脏、垂体、脂肪、大脑、皮肤和肌肉中不表达;在非泌乳期,OXCT1基因在除脂肪以外的其他12个组织中都有表达.OXCT1基因在槟榔江水牛泌乳期乳腺组织中表达量最高,推测其可能参与了水牛的乳脂合成调控事件.本研究结果可为深入了解乳脂合成代谢及其调控机制提供依据.

关键词：槟榔江水牛、OXCT1基因、克隆、生物信息学、组织表达谱

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分类号：Q786(基因工程（遗传工程）)

资助基金：国家自然科学基金项目31760659、31460582;云南省应用基础研究重点项目2014FA032、2007C0003Z

在线出版日期：2019-07-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1576-1584