撒坝猪SPDEF基因克隆及其生物信息学分析

摘要：

为明确猪SPDEF基因的遗传特性,试验对不同猪种SPDEF基因的CDS区进行序列扩增、测序、拼接,并对撒坝猪SPDEF基因CDS序列进行生物信息学分析.采用PCR直接测序法测定猪SPDEF基因外显子序列,运用SeqMan进行序列拼接.采用生物信息学软件分析撒坝猪SPDEF基因开放阅读框及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、跨膜区、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构、功能结构域,并构建系统进化树.结果 表明,各猪种SPDEF基因编码区仅在外显子1、2分别检测到1个同义突变(C13971T、C16541T),表明该基因编码区在所检测的猪群中高度保守.生物信息学分析发现,该基因有1个长1 092 bp的完整开放阅读框;SPDEF蛋白中丝氨酸(Ser)含量最高(10.7％),体外理论半衰期为30 h,属于不稳定的亲水性蛋白;该蛋白不存在信号肽及跨膜结构,存在39个潜在的磷酸化位点和1个糖基化位点,亚细胞定位于细胞质;二级结构预测中,参与无规则卷曲的氨基酸最多(55.10％),其次是α-螺旋(28.37％);功能结构域预测发现,该蛋白存在1个ETS功能结构域和1个SAM-PNT功能结构域.系统进化树结果显示,撒坝猪与牛、绵羊和山羊的亲缘关系较近.本研究为进一步分析撒坝猪SPDEF基因的功能奠定了一定的理论基础.

关键词：撒坝猪、SPDEF基因、克隆、生物信息学分析

所属期刊栏目：46

分类号：Q785(基因工程（遗传工程）)

资助基金：USFC-云南联合基金项目U1402266;云南省生猪产业技术体系建设项目2018KJTX0013

在线出版日期：2019-08-01（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1263-1272