奶水牛固醇携带蛋白2基因克隆、生物信息学分析及其组织表达检测

摘要：

本研究旨在对水牛固醇携带蛋白2(sterol carrier protein 2,SCP2)基因进行克隆及生物信息学分析,并检测其在水牛不同组织中的表达.以黄牛SCP2基因(登录号:NM_001033990.3)为种子序列成功克隆了水牛SCP2基因完整CDS区,该序列长1 632 bp,可编码543个氨基酸;其与黄牛、绵羊、山羊、白鲸、人、家犬和家猫的同源性分别为95.9％、93.4％、92.4％、89.4％、88.3％、86.3％和86.9％,说明SCP2基因CDS区在不同物种间具有较高的保守性.聚类分析则表明水牛与黄牛的分子进化关系最近;氨基酸序列分析表明,SCP2蛋白的分子式为C2602H4131N709O774 S298,分子质量为58.66 ku,理论等电点(pI)为8.59,不稳定系数为27.94,平均亲水性为-0.215,属于碱性、稳定、亲水蛋白质;二级结构分析表明水牛SCP2蛋白由α-螺旋、无规则卷曲和延伸链构成,其中α-螺旋占35.54％,无规则卷曲占48.99％,延伸链占15.47％,与三级结构预测结果一致;亚细胞定位分析表明,水牛SCP2蛋白分布在细胞质(43.5％)、过氧化物酶体(21.7％)、线粒体(17.4％)、细胞核(13.0％)和细胞骨架(4.4％);跨膜结构和信号肽预测分析表明,水牛SCP2蛋白不含跨膜结构和信号肽;磷酸化位点分析发现,水牛SCP2蛋白有13个Ser、3个Thr和2个Tyr可能成为蛋白激酶磷酸化位点;蛋白质结合位点预测结果显示,水牛SCP2蛋白含有12个蛋白质结合位点和1个多核苷酸结合位点;实时荧光定量PCR结果表明,水牛SCP2基因在肝脏中表达量最高,其他组织中表达量从高到低依次为乳腺、淋巴、肾脏、大肠、胃、肺脏、脾脏、卵巢、垂体、大脑和心脏.本试验为今后进一步探讨SCP2基因的功能奠定了基础.

关键词：水牛、固醇携带蛋白2(SCP2)、基因克隆、生物信息学分析、组织表达

所属期刊栏目：45

分类号：Q785(基因工程（遗传工程）)

资助基金：科技部国际科技合作项目2014DFA31970;广西科技重大专项桂科AA16450002;水牛基1705005;广西水产畜牧科技推广应用桂渔牧科201633009

在线出版日期：2018-12-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：2358-2367