陇东肉牛PON1基因结构与功能的生物信息学分析

摘要：

为阐明陇东肉牛对氧磷酶1 (paraoxonase 1,PON1)基因的结构与功能,本研究运用PCR扩增陇东肉牛PON1基因所有外显子序列并测序,通过Seqman软件完成序列拼接,结合生物信息学方法预测和分析其碱基组成、开放阅读框及编码蛋白的理化性质、原子组成、氨基酸残基数、亲水性和疏水性、分子质量、等电点、二级结构、高级结构等.结果显示,陇东肉牛PON1基因CDS区序列全长1 068 bp,编码355个氨基酸残基,其中数目最多的为亮氨酸(Leu),数目最少的为半胱氨酸和色氨酸(Cys和Trp).碱基组成中A+T含量(56.55％)高于G+C含量(43.26％).与GenBank中牛PON1基因序列(登录号:EU289337)比对分析发现,在PON1基因外显子4、6、8、9中存在突变,但均未导致氨基酸发生变化,为同义突变.PON1蛋白的原子组成是C1810H2796N454O533S13,分子质量为39.83 ku,理论等电点为5.24,为稳定的水溶性蛋白质.PON1蛋白二级结构中无规则卷曲、延展链、α-螺旋和β-转角分别由159、116、55和25个氨基酸构成,最终形成了以无规则卷曲和延展链为主的混合型.PON1蛋白的疏水性结果表明,第8位苏氨酸(Thr)疏水性最强(最高分值2.878),第299位脯氨酸(Pro)亲水性最强(最低分值-2.222).本试验结果为深入研究陇东肉牛PON1蛋白功能及探讨PON1基因突变对甘肃地方肉牛胴体、肉质性状的影响奠定基础.

关键词：陇东肉牛、PON1基因、生物信息学、突变

所属期刊栏目：45

分类号：Q78(基因工程（遗传工程）)

资助基金：2017年安格斯牛核心群建设项目——遗传评估与基因检测

在线出版日期：2018-09-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1750-1758