浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析

摘要：

本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析.结果显示,48份样品为PEDV阳性.16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1％～99.8％和92.4％～99.7％,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3％～95.7％,氨基酸同源性为90.7％～95.7％.与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失.系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6％以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4％以下;1个毒株(ZJ16NB6)与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4％～99.5％之间.本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主.

关键词：猪流行性腹泻病毒(PEDV)、S1基因、序列分析

所属期刊栏目：45

分类号：S852.65(动物医学（兽医学）)

资助基金：浙江省公益技术研究项目2016C32053

在线出版日期：2018-08-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1668-1676