10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

摘要：

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon's信息指数(Ⅰ)、表观杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、F-统计量(Fis、Fit、Fst)、基因流(Nm)、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量(PIC),采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构.结果显示:15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5～38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374～2.0317、0.6389～0.7756、0.7021～0.8281和0.6647～0.7993之间.各座位单个群体内近交系数(Fis)、总群体近交系数(Fit)、群体间遗传分化系数(Fst)的变化范围分别为-0.0678～0.4594、0.0618～0.5567和0.0713～0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01％的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392～3.2551之间,平均值为2.0214.基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证.综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流.

关键词：云南地方猪种、微卫星标记、遗传多样性、遗传结构

所属期刊栏目：45

分类号：S813(普通畜牧学)

资助基金：云南省高新技术产业发展项目计划云高新产业发展201404

在线出版日期：2018-09-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：992-1001