RACE法扩增梅花鹿β-防御素-1(siBD-1)全长cDNA

摘要：

为了获得梅花鹿β-防御素-1(sika deer β-defensin-1, siBD-1)cDNA全序列,本试验以梅花鹿舌黏膜组织内提取的总RNA为模板,根据前期已获得的siBD-1 cDNA的已知部分序列设计引物,采用5′-RACE和3′-RACE技术分别扩增5′-和3′-末端序列,将此扩增产物克隆入pMD18-T载体,进行PCR、双酶切鉴定及序列测定与分析.结果表明,成功克隆出长度约为172和299 bp的siBD-1 cDNA 5′-和3′-末端序列,从而得到418 bp的siBD-1 cDNA全序列(GenBank登录号:HM588696.1),其中包含89 bp 5′-非翻译区(UTR)、192 bp的开放阅读框(ORF)、终止密码子TAA、118 bp的3′-UTR和Poly(A)16.同源性比对结果显示,siBD-1 cDNA与水牛的肠防御素(BEBD)同源性最高,为90.6%,与牛(EBD、LAP、TAP、BNBD-4)、山羊(GBD-1、GBD-2)、驯鹿(reBD-1)、绵羊(sBD-1、sBD-2)和骆驼(caBD-1)的防御素cDNA的同源性较高,分别为83.2%、83.1%、87.3%、87.0%、87.5%、87.5%、84.4%、79.9%、77.1%和70.5%;与马(hoBD-1)和猪(pBD-1)的同源性较低,为60.3%和72.4%;而与人(hBD-2)的同源性最低,为16.0%.siBD-1成熟肽由38个氨基酸残基组成,其中包含9个带正电荷的氨基酸残基.

关键词：梅花鹿、5′-RACE、3′-RACE、β-防御素-1

所属期刊栏目：44

分类号：S865.4+2(狩猎、野生动物驯养)

资助基金：内蒙古自然科学基金2013MS0408

在线出版日期：2017-04-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：635-643