羊口疮病毒贵州株F1L基因克隆及生物信息学分析

摘要：

为分析羊口疮病毒贵州株(ORFV-GZ株)F1L基因的分子特点,预测编码蛋白的生物学功能,本试验对ORFV-GZ株F1L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定.应用生物信息学相关软件及方法,对ORFV-GZ株F1L基因进行列分析并对其编码蛋白进行了二级结构、B细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽预测.结果显示,F1L基因PCR扩增产物大小为1 029 bp,编码342个氨基酸;与OV-SA00株、NZ2株、OV-IA82株和D1701株相应序列核苷酸同源性分别为98.4％、97.9％、97.8％和96.8％,氨基酸的同源性分别为98.3％、97.6％、97.3％和95.3％;系统进化树显示,ORFV-GZ株F1L基因与FJ-GT株亲缘关系最近;二级结构以α-螺旋和无规则卷曲所占比例较大,预测此蛋白可能存在7个B细胞优势抗原表位,两个跨膜区域,无信号肽区域.本试验结果将为贵州省ORFV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据.

关键词：羊口疮病毒、F1L基因、克隆、生物信息学分析

所属期刊栏目：42

分类号：S858.26(动物医学（兽医学）)

资助基金：贵州省科学技术基金项目黔科合J字20102260;贵州省科学技术基金项目黔科合LH字20147667;毕节市科技局项目:贵州黑山羊羔羊口疮病防治技术攻关毕科合字201224号;贵州大学“SRT计划”项目贵大SRT字[2012]075号;贵州大学2014年大学生创新创业训练计划项目2014016

在线出版日期：2016-05-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：53-60