大鼠细胞因子信号转导抑制因子-1基因的多态性及其结构分析

摘要：

目的 扩增大鼠细胞因子信号转导抑制因子-1(SOCS-1)基因,利用生物信息学方法预测其结构和功能特征,为进一步的实验研究提供理论指导.方法 扩增并测序大鼠的SOCS-1编码区序列,利用生物信息学网站的在线分析工具和Vector NTI suite软件包,识别大鼠SOCS-1基因并预测其编码蛋白质的各种结构特征,根据该基因构建其分子进化树.结果 聚合酶链反应(PCR)扩增获得2个序列不同的SOCS-1基因,BLASTx分析该基因为全长基因,该基因全长639 bp,编码212个氨基酸(aa),具有1个SOCS盒(aa172～aa208),1个Scr同源区2(SH2)结构域(aa80～aa155)和1个核定位序列(aa160～aa174),一级结构含有2个线性B细胞抗原表位,全部位于蛋白的表面,并在空间结构上相距较远.结论 SOCS-1基因具有基因多态性,其保守的SH2区域及SOCS盒与其对信号转导通路抑制作用有关,而其核定位序列可能影响其他核转导因子,B细胞线性表位则在免疫诊断方面有较好的应用前景.

关键词：细胞因子信号转导抑制因子-1、基因多态性、生物信息学、大鼠

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分类号：R3(基础医学)

资助基金：广东省产业技术研发计划项目2009B080701004;第三军医大学创伤、烧伤与复合伤国家重点实验室开放基金资助项目200711

在线出版日期：2010-06-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：259-262,中插1-中插2