分子对接对人结直肠癌HLA-A * 2402限制性抗原肽亲和力的预测作用

摘要：

目的 验证分子对接作为抗原肽与HLA亲和力预测的补充手段的可行性.方法 用NetMHC4.0Server预测多肽与HLA-A * 2402的亲和力值,选择最优化的抗原肽与HLA-A * 2402对接的方法并计算结合能,MM-GBSA测算结合自由能,分析对接结合能与亲和力预测值与体外亲和力值和CTL活化比例值的相关性.结果 HLA-A*2402限制性抗原多肽的共用基序为x-L/T/S/Y/F-xxxxxx-N/L/I,主要通过氢键与HLA-A * 2402分子结合,π堆积对于抗原多肽的体外亲和力、CTL活化率和结合自由能具有较好的预测作用.多肽的体外亲和力、CTL活化比例与对接结合能值呈显著相关性.结论 抗原肽的锚定基序、分子间作用有望成为筛选结直肠癌抗原疫苗的特征,协助设定更合理的亲和力预测阈值.

关键词：结直肠癌、抗原多肽、人类白细胞抗原Ⅰ类分子、分子对接、亲和力预测

所属期刊栏目：31

分类号：R735.3(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金面上项目;国家自然科学基金青年项目;浙江省重点研发计划项目

在线出版日期：2021-08-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1537-1541