不同浓度酶消化蜱虫样本在宏基因组学研究中的效果初探

摘要：

目的 评价3种浓度核酸酶消化在蜱虫宏基因组学研究中的作用.方法 经过3种浓度的核酸酶处理蜱虫样本后,采用Illumina Miseq二代测序仪测序,分析比较蜱虫宏基因组学物种的种类及优势物种reads的丰度,初步评价不同终浓度(0 U/μl、0.05 U/μl和0.2 U/μl)的核酸酶处理样本对宏基因组学结果的影响.结果 采用核酸酶处理虽然降低了可检出物种的种类,但能够有效提高大部分优势物种的检出比例,尤其是立克次体属、不动杆菌属和Andromedavirus病毒属等物种的检出率;低剂量的核酸酶处理组的提高效果比高剂量处理组和无核酸酶处理组都要好.结论 采用低剂量核酸酶(0.05 U/μl)处理蜱虫样本会提高宏基因组研究中发现立克次体及病毒等病原的几率,为蜱虫及其他生物样本的深度测序过程中样本富集步骤的优化提供了一个初步的实验依据.

关键词：二代测序、核酸酶消化、样本富集、宏基因组学

所属期刊栏目：30

分类号：R373.2(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

在线出版日期：2020-06-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：909-915