南京市2012年-2013年肠道病毒71型分离株VP1基因特性分析
目的 了解南京地区肠道病毒71型流行株的遗传学背景.方法 采集2012年-2013年手足口病患者咽拭子样本,经特异性逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)鉴定EV71病毒核酸阳性者进行细胞接种分离病毒.选取阳性分离株扩增其VP1完整编码区全长基因并进行序列测定,利用生物信息学软件对序列加以分析,构建序列遗传亲缘关系树.结果 共分离得到14株EV71毒株,经VP1全长基因测序分析发现,所分离病毒VP1区核苷酸与EV71病毒A型代表株同源性为79.6％～ 81.3％,与B型代表株的同源性为81.7％ ～84.7％,而与C型代表株的同源性明显较高,为86.0％～95.2％,其中与C4代表株(AY895144)的同源性最高,为93.8％～95.2％.进化树分析发现本地流行株与上海、安徽等地区流行株的亲缘较近,而与台湾地区流行株亲缘较远.相应的氨基酸位点分析也表明符合C基因型的氨基酸模式.结论南京地区2012年-2013年肠道病毒71型的流行株主要为C4亚型,与上海和安徽地区流行株亲缘较近,可能具有同一来源.
肠道病毒71型、手足口病、外壳蛋白VP1、基因型
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R373.2+5(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)
南京市医学科技发展专项资金YKK11052
2015-03-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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