基于生物信息学构建带状疱疹神经痛miRNA-mRNA调控网络

摘要：

目的:利用生物信息学的方法构建带状疱疹相关神经痛miRNA-mRNA调控网络.方法:从GEO数据库获取水痘-带状疱疹病毒感染的神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y)转录组测序数据.利用R软件整合差异表达基因.通过miRNet数据库和FunRich软件筛选疼痛相关miRNAs和下游靶基因,并与整合的差异表达基因取交集,获得miRNA-mRNA关系对,且对网络中miRNAs和靶基因分别进行上游转录因子预测和GO、KEGG分析.通过String数据库建立蛋白质互作网络,并利用Cytoscape软件筛选Hub基因.结果:共筛选到差异表达基因1250个、靶基因123个,GO富集分析发现其主要与轴突生成、中枢神经系统神经元发育、电压门控钠通道活性、转录辅助因子结合等生物过程和分子功能相关.KEGG富集分析发现其主要参与轴突引导、昼夜节律、神经活性配体-受体相互作用等信号通路.结论:成功构建了带状疱疹神经痛miRNA-mRNA调控网络,并筛选得到了mir-34c、mir-98、mir-183、mir-107和SLIT2、ROBO2、ROBO1、PER2、F2RL2、GRID2、S1PR1等关键miRNA和靶基因,为进一步挖掘其分子发病机制提供了理论基础.

关键词：带状疱疹、带状疱疹相关神经痛、带状疱疹后神经痛、生物信息学、miRNA-mRNA、调控网络

所属期刊栏目：28

分类号：R739.4;R-058;R318

资助基金：国家自然科学基金;广西中医药管理局自筹经费课题;广西中医药管理局自筹经费课题;广西高校中青年教师科研基础能力提升课题

在线出版日期：2022-09-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：590-601