基于全基因组重测序技术分析甜菜InDel标记

摘要：

为了给甜菜种质资源的基因定位及分子标记辅助育种提供数据支撑,对'MA3001'、'KWS1231'、'ZT000589'、'ZT000549'、'ZT000286'五个甜菜品种进行了InDel标记的全基因组重测序,将其分别与参考基因组比对,经处理后得到42.84 GB的无重复有效数据.从5个甜菜品种中平均发现了314134.8个InDel位点,其中插入、缺失位点平均分别为158921.4、155212.4个;InDel位点分布在基因间区的数量最多,约占全部位点的55％,在基因区内大部分分布在内含子中;不同甜菜品种全基因组中InDel位点的长度分布趋势基本一致;InDel位点数量随着InDel长度的增加而减少(基因区除外),基因间区内大部分InDel位点的长度为1 bp,约占40％,基因区内大部分InDel位点的长度为3 bp或其整数倍.在蛋白质编码区平均发现了4782个InDel位点,这些InDel位点几乎都会引起编码蛋白质的显著变化;约有1500个InDel位点导致了删除或插入,约有600～800个InDel位点导致了碱基移位,低于100个InDel位点导致了终止密码子的产生和缺失.基因间区以及内含子区域中大于3 bp的InDel位点适合进行InDel引物开发,这些InDel位点的开发将为进行遗传效应分析并鉴定甜菜种质资源提供重要基础.

关键词：甜菜、全基因组重测序、InDel、分子标记、插入、缺失

所属期刊栏目：42

分类号：S566.3(经济作物)

资助基金：国家现代农业产业技术体系糖料建设专项"质量安全与营养品质评价";国家农产品质量安全风险评估专项经费

在线出版日期：2020-07-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1-6