基于微阵列芯片数据分析中国人冠心病的关键基因和信号通路

摘要：

目的 基于微阵列数据分析筛选中国人冠心病(CHD)的关键基因和信号通路,以期为临床探究潜在的发病机制与治疗靶点.方法 以CHD为检索关键词从基因表达图谱(GEO)数据库下载GSE71226微阵列芯片数据进行进一步分析,利用R Studio软件中"limma"包筛选冠心病患者与正常健康人群的差异基因并对其进行可视化处理,利用R Studio软件中"clusterProfiler"包和"org.Hs.eg.db"包对差异基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,蛋白互作(PPI)网络利用STRING在线网站和Cytoscape软件进行构建,以此来获取毂基因.结果 与健康对照人群相比,CHD患者有76个基因显著上调和44个基因显著下调;差异表达基因显著富集在血红蛋白复合体和结合珠蛋白-血红蛋白复合体等细胞成分(CC)中,分子功能(MF)主要体现为结合珠蛋白结合以及氧气载体活性,上调差异表达基因主要富集在单纯疱疹病毒1型感染信号通路,真核生物中的核糖体合成信号通路,信使RNA监测通路以及RNA转运信号通路,上调差异表达基因主要富集在疟疾信号通路,金黄色葡萄球菌感染信号通路,补体和凝聚级联信号通路以及神经活性配体受体相互作用信号通路;通过cytoscape筛选得出与冠心病关联最大的基因为AHSP.结论 本研究成功构建CHD患者血液中差异表达基因的PPI调控网络,并确定AHSP为其关键基因.

关键词：冠心病、关键基因、信号通路、生物信息学

所属期刊栏目：27

分类号：R541.4(心脏、血管（循环系）疾病)

资助基金：国家科技支撑计划2013BA109B00

在线出版日期：2023-11-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1135-1139