应用聚类分析和GO数据库分析间变性星形细胞瘤的微阵列数据

摘要：

目的探讨从巨量的微阵列基因数据中挖掘肿瘤相关分子机理及功能信息;方法以人肿瘤cDNA微阵列1.2分析并获得间变性星形细胞瘤和正常脑组织的差异表达基因数据,进行基于CityBlock距离和平均距离法的聚类分析,应用超几何分布的概率模型计算聚类分析所得的各基因类与GO数据库注释的各基因功能类之间的随机关联概率,给各基因类标以显著关联的GO数据库的功能类标签.结果从数以千计的基因数据中获得了121个差异显示基因并分成6类,这6类基因的生物学功能基本与该肿瘤的生物学特点符合.GO数据库中6个基因通路功能类分别与该分类相关度最大.结论应用聚类分析方法和GO数据库对微阵列研究获得的基因信息进行进一步分析,有利于提取巨量基因数据中的有效信息,可能提供进一步研究的有价值线索.

关键词：聚类分析、GO数据库、cDNA微阵列、间变性星形细胞瘤

所属期刊栏目：8

分类号：R739.4(肿瘤学)

资助基金：国家自然科学基金30070774,30170515,39970397

在线出版日期：2004-05-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：8-11