mRNA成熟调控因子NUDT21对K562细胞转录本选择性剪接的影响

摘要：

目的:研究mRNA前体3'端剪接调控因子NUDT21对白血病K562细胞转录本选择性剪接的影响.方法:以白血病K562细胞为研究对象,通过慢病毒敲减Nudix水解酶21 (Nudix hydrolase 21,NUDT21)后,应用转录组测序RNA-Seq方法明确干扰前、后转录本的表达水平.生物信息学方法分析差异表达基因及可变剪接的变化,并用qPCR验证.结果:NUDT21敲减后K562细胞基因差异表达表现:上调5 196条,下调3 917条;转录本差异表达表现:上调22 200条,下调19 728条.通过GO和KEGG分析,NUDT21敲减后表达显著差异的转录本主要与细胞粘附分化、造血细胞系及自身免疫等过程相关.差异显著的选择性剪接共有436个,主要涉及细胞增殖、代谢等多个生物学过程的调控.ERBB2、MAPK激酶MKNK2、G蛋白偶联受体GRK6、真核细胞翻译延伸因子EEF1B2、细胞周期蛋白CCNL2、有丝分裂检查点蛋白BUB3等出现mRNA前体3'端的剪接改变.其中ERBB2mRNA变体1的表达减少,变体4的表达增多.结论:NUDT21通过包括mRNA前体3'端可变剪接在内的多种调控方式从较高层面影响细胞的生物学功能.

关键词：NUDT21、3’端可变剪接、有选择的多聚腺苷化、mRNA前体、白血病

所属期刊栏目：28

分类号：R733.7(肿瘤学)

资助基金：山西省科技厅面上青年项目;创新基金

在线出版日期：2020-11-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1504-1509