急性髓系白血病患者预后不良相关基因的多组学分析

摘要：

目的:利用GEO数据库和TCGA数据库的数据,通过多组学分析方法分析与急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)发生、发展及不良预后相关的分子标志物.方法:从GEO数据库下载符合要求的转录组数据,运用R语言Limma程序包进行差异表达基因的筛选,并对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,同时使用STRING数据库数据,利用Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,筛选出hub gene,结合TCGA数据库附带的临床信息对hub gene进行预后分析.结果:共筛选出620个差异基因,上调的差异表达基因162个,下调的差异表达基因458个.综合GO功能富集、KEGG通路富集分析及蛋白相互作用网络结果,筛选出CXCL4、CXCR4、CXCR1、CXCR2、CCL5、JUN为hub gene.生存分析显示,CXCL4、CXCR1、CCL5高表达是患者预后不良的危险因素.结论:CXCL4、CXCR1、CCL5可以作为AML发生、发展的相关生物标志物,且与不良预后相关,这可以为进一步研究提供依据.

关键词：急性髓系白血病、多组学分析方法、生物信息学

所属期刊栏目：27

分类号：R733.71(肿瘤学)

资助基金：国家老年疾病临床医学研究中心招标课题;解放军总医院转化医学项目;山西省重点研发计划项目

在线出版日期：2019-05-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：331-338