猪冠状病毒通用荧光定量PCR检测方法的建立

摘要：

已知感染猪群的冠状病毒有猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)、猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)、猪呼吸道冠状病毒(PRCV)、猪血凝性脑脊髓炎病毒(PHEV);本研究拟建立针对这6种病毒的通用荧光定量PCR检测方法.依据NCBI公布的这6种猪冠状病毒序列,利用MEGA软件进行全基因序列比对,通过分析在ORF1b中找到1段长为196 bp的保守序列,设计兼并引物,建立了用于检测猪冠状病毒的通用荧光定量PCR检测方法;结果显示,该检测方法能扩增出6种猪冠状病毒,对PDCoV、PRCV、PHEV、SADS-CoV、TGEV的灵敏性均可达到101拷贝/μL,对PEDV的灵敏性可达到100拷贝/μL;与CS-FV、PRRSV、PPV、PCV、PRV无交叉反应,特异性良好;组内和组间变异系数均小于2.2％,重复性良好.利用建立的检测方法对62份病料进行检测,检测出27份样品呈现猪冠状病毒阳性,而利用普通RT-PCR方法共检测出24份阳性样品.选择2份猪冠状病毒阳性样品进行克隆测序,在NCBI上进行比对,通过同源性分析,分别鉴定为PDCoV和PEDV感染.本试验建立的猪冠状病毒通用荧光定量PCR检测方法特异性、重复性好,敏感性高,能用于对猪冠状病毒的检测和流行病学调查,同时还可监测猪新型冠状病毒的出现.

关键词：猪冠状病毒、ORF1b基因、通用荧光定量PCR

所属期刊栏目：43

分类号：S852.65(动物医学（兽医学）)

资助基金：河南省杰出青年基金资助项目202300410192

在线出版日期：2023-04-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：16-22