广东地区1株猪非典型瘟病毒的鉴定及遗传演化分析

摘要：

猪非典型瘟病毒(atypical porcine pestivirus,APPV)是引起仔猪先天性震颤(congenital tremor,CT)的主要病原,给养猪业带来严重的经济损失.为了解APPV在广东地区猪群的流行和变异情况,本研究于2018-2019年从广东地区采集12份疑似CT的病料样品,通过RT-PCR对APPV进行检测,并对APPV阳性的病料样品通过PCR扩增其全长基因组序列并测序,同时对其ORF和E2基因的同源性、遗传进化关系及E2蛋白氨基酸分子特征进行分析.结果显示,有3份样品为APPV阳性,进一步对其中1份阳性样品通过全基因组PCR扩增得到1条长度为10 989 bp 的 APPV 全长序列,命名为 APPV-China/GD-ZK/2018(GD-ZK).GD-ZK 与参考毒株ORF 和 E2 基因的核苷酸同源性分别为80.7％～99.7％,80.8％～99.9％,其中与APPV/CNYJ/2018的同源性最高.分别对GD-ZK株的ORF和E2基因进行遗传演化分析,结果显示,根据遗传进化关系可将APPV划分为Genotype 1、Genotype 2和Genotype 3三种基因型,而本研究中鉴定到的GD-ZK株属于Genotype 2,与APPV/CNYJ/2018的进化关系最近.分子特征分析结果显示GD-ZK株E2蛋白发生了 S54T和S130T 2个特征性的氨基酸位点突变,且该突变均存在于Genotype 2.因此这2个氨基酸位点突变可作为APPV基因分型潜在的分子标记.本研究初步揭示了 APPV在广东地区猪群中的遗传变异情况,为掌握APPV在广东地区的流行本底奠定了基础.

关键词：APPV、仔猪先天性震颤、遗传演化、变异

所属期刊栏目：42

分类号：S852.65(动物医学（兽医学）)

资助基金：广州市科技计划-基础与应用基础研究资助项目;广东省基础与应用基础研究基金区域联合基金—青年基金资助项目

在线出版日期：2023-02-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：2145-2151,2157