16S rRNA基因测序分析犬骨癌的癌内菌群特征

摘要：

本研究旨在分析患骨癌犬的癌组织的菌群特征及其与癌旁组织菌群的构成差异,进而探究癌内菌群对犬骨癌发生发展的影响.提取癌组织与癌旁组织菌群的基因组总DNA,进行高通量测序,结合数据分析两者的菌群特征,并利用Tax4Fun对其菌群进行功能预测.结果发现,2组菌群的丰富度指数(Ace、Chao1)和多样性指数(Shannon、Simpson)无显著性差异(P＞0.05).相对丰度方面,2组样本在门水平的菌群主要是变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门,其中癌组织的拟杆菌门(t=0.114,P=0.039)、广古菌门(t=0.067,P=0.017)、脱硫菌门(t=0.019,P=0.002)以及螺旋菌门(t=0.021,P=0.072)显著高于癌旁组织;在属水平上主要由绿脓杆菌属、乳杆菌和链球菌属等组成,其中癌组织的甲烷杆菌属(t=0.495,P=0.02)、互营杆菌属(t=0.495,P=0.004)以及 Sarcina 属(t=0.436,P=0.011)显著高于癌旁组织,且癌旁组织中不含有Sarcina属.PCoA图提示2组肠道菌群有显著性差异;LDA差异贡献分析发现2组之间共有27个物种存在显著性差异,其中影响较大的有硝化螺旋菌属(t=0.159,P=0.003)、反刍甲烷杆菌(t=0.495,P=0.029)、拟杆菌门(t=0.114,P=0.039)、Exilispira(t=0.495,P=0.022)、假单胞菌科(t=0.296,P=0.032)、假单胞菌目(t=0.284,P=0.032);功能预测结果表明,2组的代谢功能具有最高的相对丰度,在2组中相对丰度均超过45％,其中癌组织明显升高的代谢通路有氨基酸代谢、能量代谢、核苷酸代谢以及辅助因子和维生素的代谢等(P＜0.05).综上,犬骨癌的癌变部位与癌旁部位组织中均存在特异的微生物菌群.

关键词：犬骨癌、癌内菌群、癌旁菌群、16S rRNA测序

所属期刊栏目：42

分类号：S857.4(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金

在线出版日期：2023-01-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：2071-2079