羊口疮病毒感染对山羊皮肤成纤维细胞circRNA表达谱的影响

摘要：

旨在探究羊口疮病毒(orf virus,ORFV)感染对山羊皮肤成纤维细胞(goat skin fibroblast,GSF)环状RNA(cir-cular RNA,circRNA)表达谱的影响.以ORFV感染的GSF和未感染细胞为对象构建6个cDNA文库进行转录组测序,利用生物信息学方法进行circRNA鉴定、circRNA差异表达分析、差异circRNA的GO和KEGG功能富集分析,最后挑选9个差异circRNA进行qPCR和Sanger测序验证.结果发现,在未感染组和感染组分别鉴定到9979和10 844个circRNA,共有151个circRNA差异表达,其中59个circRNA表达上调,92个circRNA表达下调;GO富集分析表明,差异circRNA主要富集在炎症应答、上皮结构维持、细胞迁移正调控、泛素蛋白转移酶活性等生物学过程;KEGG富集分析表明,差异circRNA主要富集在紧密连接、黏着斑、血管平滑肌收缩、内吞作用、细胞因子受体相互作用等信号通路;circRNA1001,circRNA1684,circRNA3127和circRNA788表达量与转录组测序结果一致.本研究首次报道了 ORFV感染对GSF细胞circRNA表达谱的影响及差异circRNA在ORFV感染中的潜在功能,为ORFV与宿主互作机制研究提供新的线索.

关键词：羊口疮病毒、山羊皮肤成纤维细胞、环状RNA、差异表达、GO和KEGG富集分析

所属期刊栏目：42

分类号：S852.65(动物医学（兽医学）)

资助基金：贵州省科学技术基金自然科学资助项目;贵州大学青年教师国家自然科学基金培育项目;贵州大学引进人才科研基金资助项目

在线出版日期：2022-08-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：897-905