2017年河南省猪流行性腹泻病毒检测及基于S1基因片段的遗传变异分析

摘要：

为了解河南省引起仔猪腹泻的猪肠道冠状病毒的感染和流行情况,我们对2017年度发生仔猪腹泻的河南省25家养殖场送检的94份仔猪肠道或粪便样品开展了相关检测.结果 显示猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhoea virus,PEDV)的样品检出率为68.1％(64/94),猪场阳性率为76.0％(19/25),但未检测到猪传染性胃肠炎病毒(porcine transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDcoV)和猪急性腹泻综合征冠状病毒(swine acute diarrhoea syndrome coronavirus,SADS-CoV).为进一步分析PEDV的遗传变异情况,利用RT-PCR和基因克隆测序技术,我们成功获得了8株PEDV的S1基因片段的核苷酸序列.分子进化树分析显示,我国流行毒株可以分为G1a(疫苗及其衍生株)、G1b(经典毒株)、G2a(2011-2013年变异株)、G2b(2016-2017年变异株)和G2c(重组毒株)5个进化分支,本研究获得的S1基因序列均处于G2b进化分支,且与2016-2017年间的流行毒株遗传距离更近.同源性分析显示,8株分离株彼此之间S1基因片段的核苷酸同源性为97.3％～99.5％,与变异毒株AJ1102的同源性为97.2％～98.0％,而与经典毒株CV777、CH/S的同源性仅为91.0％～92.3％.氨基酸序列比对分析显示,与CV777和CH/S等经典毒株相比,分离株S1基因片段除了多个氨基酸位点发生变异外,在58NQGV61、140N、157H这3个位置有氨基酸的插入,在163NI164有2个氨基酸的缺失,这与之前关于PEDV变异株的研究报道相一致.此外,与其他变异株相比,本研究发现分离株HeNPDS/2017在491位有1个新的丝氨酸(Ser)缺失位点,其生物学意义有待进一步研究.本研究丰富了PEDV的分子流行病学数据,有助于了解河南省PEDV流行和遗传变异的最新情况,为该地区猪流行性腹泻病的防控提供一定的参考.

关键词：猪流行性腹泻病毒、遗传变异、进化分析

所属期刊栏目：40

分类号：S855.3(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家重点研发计划资助项目;河南省农业科学院科研发展专项资金资助项目

在线出版日期：2020-04-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1-8