近年我国部分省份PEDV流行毒株S基因及编码蛋白变异分析

摘要：

为了解当前猪流行性腹泻(porcine epidemic diarrhea,PED)在我国部分省份的发病情况以及猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的分子特征和遗传变异情况,本研究从山西、湖北、辽宁、江西、广东5个省份的部分猪场采集疑似PED症状的样品60份,利用RT-PCR方法对其进行PEDV检测.筛选其中的PEDV阳性毒株,利用分段克隆测序的方法获得其PEDV S基因全序列,并利用生物信息学方法对其进行分析.结果表明,PEDV检出率为61.7％;筛选的13株毒株S基因核苷酸同源性为96.6％～99.8％,与2010年以前我国分离株的同源性为92.6％～95.5％,与2010年以后我国分离株的同源性为93.8％·99.4％,与美韩毒株的同源性为93.8％00～99.0％,与疫苗株的同源性为92.1％～98.1％;13株S蛋白氨基酸序列与疫苗株CV777氨基酸序列相比存在75个相同突变位点和12个差异突变位点,其中在S1区(1～789 aa)占比71.26％,中和表位区域有2个相同突变位点,线性表位区域有9个相同突变位点,2个受体结合域有25个相同突变位点.其S蛋白均具有信号肽(1～20 aa),剪切位点为20～21 aa.S蛋白的二级结构主要是a-螺旋32.97％、β-折叠27.78％、β-转角8.59％和无规卷曲30.66％.遗传进化分析表明,13株PEDV均属于G2b类群,而我国现今常用的疫苗株CV777归属于Gla类群.说明当前PED在我国的流行趋势依然严峻,本次分离的13株PEDV与2010年前的野毒株以及现行疫苗株相比发生了较大的变异,因此需要引起相关猪场及检疫部门的高度重视,并及早采取措施以防止该病的大规模暴发.

关键词：猪流行性腹泻病毒、S基因、序列分析

所属期刊栏目：38

分类号：S852.65(动物医学（兽医学）)

资助基金：广东省生猪产业体系资助项目2016LM1103

在线出版日期：2018-10-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1457-1462