猪伪狂犬病病毒gD基因的生物信息学分析

摘要：

自测12条PRV不同毒株的gD全序列连同GeneBank中登录的9条gD基因全序列共21条基因序列,使用生物软件对它们的基因序列的同源性、突变区域的定位、遗传进化关系、酶切位点的差异、密码子偏爱性,氨基酸序列的同源性、蛋白质亲水性、抗原表位分析、三级结构预测等生物信息学的内容进行预测和分析.结果表明:PRV-gD基因的开放阅读框的核苷酸长度在1 197～1 215 nt之间,氨基酸长度在399～405个之间,核酸同源性在97.3%～100%之间,氨基酸的同源性在89.8%～98.8%之间,在核酸820～837位有个高变重复区,不同毒株基因均对GC极为偏爱.在遗传进化关系上将我国PRV流行分为四川、华北、东南3个区域.毒株间基因内酶切位点、蛋白质亲水性、抗原表位和蛋白质高级结构预测等内容的分析结果十分相似,说明PRV-gD基因具有很高的保守性.

关键词：伪狂犬病病毒、gD基因、PCR、序列分析、生物信息学

所属期刊栏目：29

分类号：S852.65(动物医学（兽医学）)

资助基金：四川省科技厅基础项目03JY029-40

在线出版日期：2010-01-19（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1382-1389,1394