基于转录组测序技术分析猪德尔塔冠状病毒诱导IPEC-J2细胞中自噬相关的变化

摘要：

为了探究猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)感染宿主细胞后诱导细胞中发生的自噬相关变化,建立了PDCoV感染IPEC-J2细胞模型,通过间接免疫荧光和荧光定量PCR试验确定PDCoV在细胞中显著增殖.利用转录组测序获得了 IPEC-J2细胞感染模型和正常细胞中的全部表达基因15 393个.通过基因覆盖度和测序饱和度分析明确数据符合分析要求后,进一步筛选了 PDCoV感染导致表达量发生显著变化的基因(差异基因)2 056个,其中自噬相关基因33个.采用荧光定量PCR方法检测12个自噬基因在细胞感染模型和正常细胞中的相对表达量,检测结果与高通量测序结果一致.通过GO功能和KEGG通路富集分析,明确差异基因主要富集的功能和信号通路,并重点展示了 6条自噬相关信号通路.本研究初步展示了 PDCoV在IPEC-J2细胞增殖过程中诱导细胞发生的自噬相关变化,为研究PDCoV通过诱导细胞自噬促进自身复制的分子机制提供了理论依据.

关键词：猪德尔塔冠状病毒、IPEC-J2细胞、转录组测序、细胞自噬、病毒复制

所属期刊栏目：53

分类号：S852.659.6(动物医学（兽医学）)

资助基金：中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室开放课题;天津市生猪产业体系创新团队猪病毒病岗位项目;中央级公益性科研院所基本科研业务费院级统筹项目;天津市农业科学院青年科研人员创新研究与实验项目

在线出版日期：2023-05-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：320-331