西藏环状病毒荧光定量RT-PCR与常规RT-PCR检测方法的建立及应用

摘要：

为建立西藏环状病毒(TIBOV)群特异性核酸检测方法,本研究根据云南师宗新分离的TIBOV(YNSZ/V290/2019)毒株和GenBank中登录的TIBOV毒株VP6基因序列的保守区,设计并合成特异性引物和探针,建立了荧光定量RT-PCR和常规RT-PCR检测方法,并分别进行了特异性、灵敏性和临床样品的检测.试验结果表明,两种检测方法均可特异性地扩增TIBOV及检出特异荧光信号,而对帕利亚姆血清群病毒(PALV)、蓝舌病病毒(BTV)、流行性出血病病毒(EHDV)、广西环状病毒(GXOV)、阿卡斑病毒(AKAV)、云南环状病毒(YNOV)、非洲马瘟病毒(AHSV)和牛流行热病毒(BEFV)无扩增和无有效荧光信号检出,具有较好的特异性.灵敏性试验结果显示,荧光定量RT-PCR检测TIBOV核酸的下限可达10 copies/μL,常规RT-PCR的检测下限为102 copies/μL.临床样品检测显示,两种方法均能检测出库蠓样品中的TIBOV核酸,常规RT-PCR扩增产物经测序和BLAST比对分析显示,库蠓样品中检测到的TIBOV与NCBI数据库中TIBOV(DH13C120、XZ0906、D181/2008)毒株VP6基因序列相似度均在95％以上.荧光定量RT-PCR因其更高的灵敏度和实效性,能用于大量临床样品的快速检测,而常规RT-PCR可以对扩增产物进行胶回收测序,进一步了解待测病毒的遗传信息.两种方法相互辅助,可以为TIBOV的早期诊断、快速检测、流行病学调查和实验研究等提供有效的技术方法.

关键词：西藏环状病毒、荧光定量RT-PCR、常规RT-PCR、病毒检测

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分类号：S882.659.4(蚕桑)

资助基金：国家重点研发计划;国家重点研发计划;公益性行业农业科研专项;云南省中青年学术;人才培养项目

在线出版日期：2020-12-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：1365-1372