2017-2019年猪流行性腹泻病毒广西流行毒株遗传多样性分析

摘要：

为掌握广西猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的遗传变异情况,本研究对2017-2019年从广西各地采集的腹泻样品,应用RT-PCR方法进行检测,并随机选取部分PEDV阳性样品进行S、M、N基因的扩增、测序和分析.结果 显示,共获得PEDV S基因序列23株、M基因和N基因序列各25株.同源性分析显示,广西流行毒株间核苷酸和氨基酸序列同源性在S基因为90.6％～100％和89.6％～100％,在M基因为97.0％～100％和96.9％～100％,在N基因为95.9％～100％和95.9％～100％.序列比对显示,广西流行毒株S1基因的氨基酸序列存在缺失、突变和插入现象,且各毒株之间存在差异.基于S、M、N基因绘制遗传进化树,获得相似的拓扑结构图,广西流行毒株主要分布在S基因的GⅠb、GⅡa亚群,M基因的GⅡa、GⅡb亚群,N基因的GⅢ亚群.遗传进化速率测算显示,广西流行毒株及国内外参考毒株S、M、N基因的平均进化速率分别为7.39×10-4、1.43×10-4和2.96×10-4 substitutions/site/year,S基因的变异速度最快.表明PEDV广西流行毒株存在遗传多样性,应加强病原监测和流行病学调查,为有效防控PED提供基础数据.

关键词：猪流行性腹泻病毒、S基因、M基因、N基因、遗传多样性

所属期刊栏目：50

分类号：S852.659.6(动物医学（兽医学）)

资助基金：广西壮族自治区科技重大专项;广西水产畜牧科技项目;广西壮族自治区农业科技项目

在线出版日期：2020-04-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：189-198