大熊猫轮状病毒CH-1株外衣壳蛋白VP4基因的克隆与生物信息学分析
利用MA-104细胞培养增殖大熊猫轮状病毒CH-1株,提取总RNA,运用RT-PCR扩增外衣壳蛋白VP4基因,将其与pMD19-T simple vector连接并转化DH5α,经PCR扩增和测序分析进行鉴定,用生物信息学软件预测其功能,并构建系统进化树.结果显示,成功获得大熊猫轮状病毒VP4蛋白基因,长 2 362 bp,包含一个2 331 bp的开放阅读框,编码776个氨基酸,测序结果在GenBank中的登录号为HQ641296.生物信息学分析表明,VP4蛋白基因编码产物分子质量为86 768.8 u,理论等电点为5.56,半衰期为30 h(体外哺乳类网状细胞),不稳定系数为28.64,脂肪指数为82.53,总平均亲水性为-0.265,最大疏水性为2.244,最小疏水性为-2.911;无信号肽序列;跨膜结构分析显示VP4蛋白无跨膜区,位于病毒膜外区;在VP4序列中的抗原决定簇主要位于VP4的N-末端和C-末端.预测其可能包含8个N-糖基化作用位点,15个蛋白激酶C磷酸化作用位点、15个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化作用位点、12个N-豆蔻酰化位点.系统进化分析显示,大熊猫轮状病毒的VP4基因与猪轮状病毒的VP4基因的进化距离最近.本试验成功荻得大熊猫轮状病毒VP4基因,为以后研究此基因的生物学功能、建立该病毒的检测方法以及研制新型大熊猫轮状病毒基因疫苗奠定了基础.
大熊猫、轮状病毒、VP4基因、克隆、生物信息学分析
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S852.659.4(动物医学（兽医学）)
长江学者和创新团队发展计划创新团队项目;四川省科技厅科技支撑计划;公益性行业科研专项
2011-12-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
575-581
