灵芝科真菌的全基因组特征分析

摘要：

为解析灵芝科真菌的全基因组结构和功能,研究采用MISA、Codon W软件对赤芝、紫芝、松杉灵芝、重伞灵芝、狭长孢灵芝、Ganoderma sp.BRIUMSc、白肉灵芝、南方灵芝等8个真菌全基因组的重复序列、SSR位点和密码子偏好性进行了生物信息学分析.通过8种灵芝科真菌基因组两两比对,发现SSR数量与基因组大小无显著相关性,SSR类型都以短重复类型(单核苷酸至三核苷酸)为主,SSR位点在基因组中的密度不一.灵芝科真菌的全基因组序列的密码子偏好性分析表明,灵芝科真菌倾向于使用GC丰富的密码子以及使用G/C结尾的密码子.与毕赤酵母相比,8个灵芝科真菌基因密码子使用模式更接近于酿酒酵母和大肠杆菌,它们可能更适合与灵芝科真菌互为基因异源表达宿主.

关键词：灵芝科真菌、全基因组、简单重复序列、密码子偏好性

所属期刊栏目：42

分类号：S646.2

资助基金：山东省聊城市重点研发计划农业良种工程项目2021LZ01

在线出版日期：2023-09-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：47-53