盐胁迫蜜环菌Real-time PCR内参microRNA的筛选

摘要：

目的:在利用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)进行microRNA (miRNA)表达分析的过程中,选择合适的内参miRNA对数据标准化起到重要作用.方法:该文挑选了13个蜜环菌候选miRNA对其前体进行生物信息分析,PMRD预测其前体相似序列,并用RNAfold对候选miRNA前体及其相似序列进行二级结构预测.利用Real-time PCR检测在受盐胁迫前后两种基因型蜜环菌(基因型A,基因型B)miRNA的表达量,并结合geNorm,NormFinder,BestKeeper软件分析其表达稳定性,筛选合适的内参.结果:对候选miRNA的9条前体进行二级结构预测以及特征分析,证明预测的miRNA属于miR家族具有典型的茎-环结构且成熟的miRNA位于其前体的5'或是3'端;geNorm分析表明,基因型A蜜环菌可选择Novel-4*,Novel-9作为内参组合,基因型B可选择Novel-9,Novel-16作为内参组合;NormFinder分析结果显示,Novel-9在基因型A蜜环菌和基因型B蜜环菌中都有较好的稳定性;BestKeeper分析显示Novel-12*在基因型A蜜环菌中稳定性较好,Novel-2*在基因型B蜜环菌中稳定性较好.结论:稳定性最优的内参miRNA为Novel-9,为进一步开展蜜环菌miRNA调控机制研究奠定了基础.

关键词：蜜环菌、盐胁迫、内参miRNA、实时荧光定量聚合酶链式反应

所属期刊栏目：26

分类号：R284.2;R289;R22;R2-031(中药学)

资助基金：国家自然科学基金;国家自然科学基金;国家科技基础性工作专项;中央级公益性科研院所基本科研业务费专项;中央本部级重大增减支项目;广西壮族自治区科技重大专项

在线出版日期：2020-09-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：35-42