基于分子对接技术筛选中药来源的HDAC3/8小分子抑制剂

摘要：

目的:发现具有组蛋白去乙酰化酶(HDAC) 3/8抑制活性的中药小分子活性成分.方法:应用AutoDock 4.2.6软件进行分子对接技术,以HDAC抑制剂曲古抑菌素A(TSA)为参照,对19种中药小分子成分进行筛选,设定默认对接构象数,获得对接结合能、活性位点氨基酸残基和氢键,并进行生物活性验证.结果:19种中药小分子与HDAC3和HDAC8均有不同程度的结合能,其中熊果酸、防己诺林碱和粉防己碱对HDAC3和HDAC8的结合能较低,结合活性较强.防己诺林碱与HDAC3处在1位点的最优结合能最低(-26.71 kJ·mol-1),与HDAC8处在9位点的最优结合能最低(-26.84 kJ·mol-1);粉防己碱与HDAC3处在13位点的最优结合能最低(-26.38 kJ·mol-1),与HDAC8处在12位点的结合能最低(-25.41 kJ·mol-1);熊果酸与HDAC3处在16位点的结合能最低(-25.83 kJ· mol-1),与HDAC8处在8位点的最优结合能最低(-35.62 kJ· mol-1).通过PyMOL 2.3.1渲染出了3种小分子对接位点氨基酸,熊果酸与HDAC3/8结合时,活性位点均产生2个氢键,且相互作用较强,同时有较多活性位点氨基酸相连接.防己诺林碱与HDAC3活性位点产生2个氢键,与HDAC8活性位点产生1个氢键,与部分活性位点氨基酸进行疏水性结合.粉防己碱与HDAC3/8均无氢键作用,对接位点均由4种活性氨基酸对接.对接效果最优的3种小分子(熊果酸、防己诺林碱和粉防己碱)在500μmol· L-1和100 μmol· L-1浓度下对HDAC3/8均有抑制活性,且抑制活性在选出的10种小分子中仍最优.结论:在被筛选的19个小分子中,熊果酸、粉防己碱和防己诺林碱有可能是新型HDAC3/8抑制靶点抗炎药物,可为探索新的抗炎药物提供参考.

关键词：组蛋白去乙酰化酶、分子对接、抑制剂、熊果酸、防己诺林碱、粉防己碱、抗炎

所属期刊栏目：26

分类号：R22;R24;R28;C37;Q512(中医基础理论)

资助基金：国家自然科学基金;黑龙江中医药大学新药临床前研究基金项目

在线出版日期：2020-04-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：186-194