相近石韦叶绿体基因组学分析

摘要：

目的:测定相近石韦Pyrrosia assimilis叶绿体基因组,分析其序列特征并探讨相近石韦本草基因组学研究.方法:应用高通量测序技术对相近石韦进行了叶绿体全基因组测序,利用生物信息学方法分析其结构特征和系统发育关系.结果:相近石韦叶绿体基因组呈环形双链结构,全长154 964 bp,鸟嘌呤和胞嘧啶(GC)总量41.2％;共注释到131个基因,包括88个蛋白编码基因,35个转运RNA(tRNA)基因和8个核糖体RNA (rRNA)基因;共检测到43个散在重复序列和56个简单重复序列(SSR);编码亮氨酸的密码子使用频率最高,编码色氨酸的密码子数最少;叶绿体基因组全局比对分析筛选出5个高变异区(psbA,rrn16,petA-psbJ,ndhC-trnM和psbM-petN);系统发育树显示相近石韦与波氏石韦P.bonii亲缘关系较近.结论:相近石韦叶绿体基因组中非编码区变异高于编码区,大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)变异大于反向重复区(IR),筛选出的5个高变区可作为石韦属物种鉴定的候选DNA条形码.相近石韦的叶绿体基因组学研究为其他石韦属药用植物在分子鉴定、遗传基因转化、抗性蛋白表达及次生代谢途径解析等方面的研究提供了参考.

关键词：本草基因组学、相近石韦、叶绿体基因组、石韦属、结构特征、DNA条形码、系统发育树

所属期刊栏目：26

分类号：R22;Q732;R28;Q34;R931(中医基础理论)

资助基金：重大新药创制"科技重大专项;武汉理工大学专业学位研究生团队指导项目

在线出版日期：2020-04-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：123-131